Am Laub der mit IYSV befallenen Zwiebeln findet man meist länglich-ovale, nekrotische Flecken, die eher unspezifisch sind und nicht sofort an einen Virusbefall denken lassen. Vor allem am Anfang kann es hier leicht zu Verwechslungen mit Schäden durch einen reinen Thrips-Befall, Hagelschlag, eine Herbizid-Unverträglichkeit oder frühe Stadien von Pilzerkrankungen kommen.
Wesentlich eindeutiger sind Flecken, die eine Insel grünen Blattgewebes in der Mitte aufweisen. Treten mehrere an einem Blatt auf, kann es zum Absterben der Blattspitzen oder des gesamten Blattes kommen. Dies führt vor allem bei der Produktion von Bundzwiebeln zu Qualitätsverlusten. Auch bei der Speisezwiebelproduktion kann es durch eine Reduktion der Größe zu Ertragseinbußen kommen. Da das Wirtspflanzenspektrum von IYSV auch andere Zwiebelgewächse umfasst, wie z. B. Porree, Knoblauch, Schnittlauch oder Schalotten, ist ein Übergreifen auf diese Gemüsearten zu erwarten. Ferner sind auch zahlreiche Unkräuter wie der Amaranth, der Löwenzahn, der Stechapfel oder die grüne Borstenhirse als Wirtspflanzen für IYSV bekannt.
Die Experten gehen davon aus, dass sich das IYSV in Europa zu einem ernsten Pflanzenschutzproblem entwickeln kann. Gegen das Virus selbst kann nichts unternommen werden, sämtliche Bekämpfungsmaßnahmen richten sich daher gegen den Überträger, den Zwiebel-Thrips.
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