Pawljutschenkow bat vor Gericht bei den Angehörigen um Entschuldigung. "Ich will mein Bedauern über diese Tat ausdrücken", sagte der Verurteilte. Er bedauere, in den Fall "hineingezogen" worden zu sein. Die Familie Politkowskajas wolle er um Vergebung bitten, "soweit dies möglich" sei. "Es kann viel gesagt werden, aber es wird die Sache für die Politkowskaja- Familie oder meine Familie nicht einfacher machen", sagte der Ex- Polizist.
Die russische Justiz hatte zuvor gegen den Protest von Politkowskajas Familie eine Vereinbarung mit Pawljutschenkow getroffen. Demnach konnte der frühere Oberstleutnant bei einer Zusammenarbeit mit den Behörden mit einem deutlichen Strafnachlass rechnen.
Die Hinterbliebenen Politkowskajas, die als Nebenkläger aufgetreten waren, kündigten umgehend Berufung gegen das Urteil an. Sie würden nur die Höchststrafe von 20 Jahren akzeptieren. Die Staatsanwaltschaft hatte zwölf Jahre Haft gefordert, während die Verteidigung für eine Bewährungsstrafe eingetreten war. Das Urteil vom Freitag bewerteten Pawljutschenkows Anwälte als zu hart und kündigten an, ebenfalls in Berufung zu gehen. Aus ihrer Sicht hätte der Angeklagte wegen der Vereinbarung mit der Staatsanwaltschaft eine geringere Strafe erhalten müssen.
Politkowskaja, die vor allem für ihre regierungskritische Berichterstattung aus dem Kriegsgebiet Tschetschenien bekannt wurde, war am 7. Oktober 2006 im Treppenhaus ihres Moskauer Wohnhauses erschossen worden. Zwei an der Tat beteiligte Brüder des mutmaßlichen Todesschützen wurden im Jahr 2009 freigesprochen. Ein Jahr später entschied der oberste russische Gerichtshof, den Prozess gegen die Tschetschenen neu aufzurollen. Im Jahr 2011 konnte Machmudow, der auch des Menschenraubes und der räuberischen Erpressung verdächtigt wird, schließlich in Tschetschenien gefasst werden.
Ein aus Tschetschenien stammender Hintermann soll Pawljutschenkow rund 115.000 Euro für den Mord gezahlt haben. Der Hintermann sitzt im Zusammenhang mit einem anderen Verbrechen derzeit eine zwölfjährige Gefängnisstrafe ab. In wessen Interesse er den Mord an Politkowskaja in Auftrag gegeben hatte, ist bis heute unklar. Menschenrechtler fürchten, dass die wahren Hintergründe der Bluttat, die international für Entsetzen gesorgt hatte, nie ans Licht kommen.
Der Fall Politkowskaja ist nicht der einzige ungeklärte Mord an einer russischen Journalistin. So gibt es etwa im Fall der 2009 ermordeten Reporterin Natalia Estemirowa trotz Versprechen des Kreml keine Festnahmen.