Radovan Karadzic hat laut der Anklage alleine oder in Zusammenarbeit mit anderen, darunter dem einstigen Parlamentspräsidenten der Republika Srpska, Momcilo Krajisnik, und seiner Nachfolgerin Biljana Plavsic in der Zeitspanne vom 1. Juli 1991 bis 31. Dezember 1992 an Straftaten teilgenommen, die zum Ziel gehabt hätten, die Kontrolle über jene Regionen Bosnien- Herzegowinas zu sichern, die zum Bestandteil der Republika Srpska erklärt wurden.
Um diesen Plan umzusetzen, seien von der Führung der bosnischen Serben solche Verfahrensweisen umgesetzt worden, welche die Schaffung von unmöglichen Lebensbedingungen, Vertreibungen und Terror beinhaltete. Als Ergebnis sollten Nicht- Serben zur Aussiedlung aus diesen Regionen angespornt werden. Dies habe auch die Zwangsumsiedlungen und die Tötung jener vorgesehen, die nicht freiwillig gehen wollten, steht in der Anklage.
Die bewaffneten Kräfte der bosnischen Serben sowie Milizen und die Polizei der Republika Srpska unternahmen gemäß der Anklage eine Reihen von Aktionen, um die Zahl der bosnischen Muslimen und Kroaten sowie der sonstigen nichtserbischen Bevölkerung in einer Reihe von Gemeinden wesentlich zu verringern. Zwischen März und 31. Dezember 1992 gewannen die Truppen der bosnischen Serben eine volle Kontrolle über alle diese Gemeinden, häufig durch heftige Angriffe, die auf koordinierte und geplante Weise durchgeführt wurden.
Die Organisation und Anleitung der Machtübernahme, die vom März bis Ende Dezember 1992 vor sich ging, sowie die kontinuierlichen Vertreibungen und Zwangsumsiedlungen, die namentlich in den Gemeinden Bijeljina und Banja Luka sowie in der Region Srebrenica bis zum 30. November 1995 fortgesetzt worden seien, habe die Serbische Demokratische Partei (SDS), die Militär- und Polizeiführung sowie lokale Behörden durchgeführt.
Radovan Karadzic wird aufgrund seiner individuellen Verantwortung als auch aufgrund seines damaligen Amtes für Völkermord, Komplizenschaft am Völkermord, Ausrottung, Morde, absichtliche Tötungen, Vertreibungen, Deportationen, unmenschliche Taten sowie Geiselnahmen beschuldigt. Schauplätze schwerster Kriegsverbrechen waren Bijeljina, Bratunac, Samac, Brcko, Doboj, Foca, Ilijas, Kljuc, Kotor Varos, Prijedor, Rogatica, Sanski Most, Srebrenica, Vissegradm Vlasenica, Zavidovici und Zvornik, aber auch andere bosnische Gemeinden unter der Kontrolle von Truppen der bosnischen Serben.
In der Anklage wird von Morden an Tausenden bosnischen Muslimen und Kroaten, Zwangsumsiedlungen von Tausenden Menschen, dem Massaker an Tausenden Einwohnern von Srebrenica, rücksichtlose Beschießung von Städten und Siedlungen, unmenschliche Behandlung und Folterung von Muslimen und Kroaten und sonstigen Nicht- Serben berichtet. Dieselbe Anklage bezieht sich auch auf den einstigen Militärchef der bosnischen Serben, Ratko Mladic, der flüchtig ist.